Organización del Plan de Estudios
El plan de estudios de la Maestría en Auditoría Gubernamental está estructurado en torno a un grupo de asignaturas de nivelación (el maestrando deberá tomar dos de entre las tres ofrecidas), 14 (catorce) asignaturas troncales específicas de la formación en auditoría gubernamental que conforman el Área Específica de formación, y una asignatura de Práctica de la Auditoría Gubernamental, una de Metodología de la Investigación y un Taller de Tesis -desdoblado en dos cuatrimestres- que conforman el Área Metodológica de formación, y la Tesis de Maestría (desarrollada en el marco del Taller de Tesis).

Módulos iniciales de nivelación:
Contiene tres módulos, de los cuales los alumnos deberán realizar 2, de acuerdo a la evaluación inicial hecha por la Comisión de Admisión:
1. Administración Financiera del Sector Público.
2. Derecho Público.
3. Matemática Financiera y Estadística Aplicada.

Área Metodológica
1. Práctica de la Auditoría Gubernamental.
2. Metodología de la Investigación.
3. Taller de Tesis.

Área Específica
1. Democracia y Reforma del Estado.
2. Gestión Gubernamental Contemporánea.
3. Instituciones Públicas y Económicas.
4. Economía del Sector Público.
5. Principios y Metodologías de la Auditoría Integral I.
6. Principios y Metodologías de la Auditoría Integral II.
7. Principios y Metodologías de la Auditoría Integral III.
8. Auditoría de Legalidad.
9. Auditoría de Programas Sociales y Auditoría Social.
10. Auditoría de Sistemas de Información.
11. Auditoría de Deuda Pública.
12. Auditoría Ambiental.
13. Auditoría de Calidad.
14. Ética Pública y Sistemas de Transparencia y Control.

Tesis
Se fija un plazo de un año como máximo a partir de la finalización de la Maestría para la presentación de la Tesis de Maestría por parte de los maestrandos.